Po udomowieniu szczurów odmiany, które barwą sierści najbardziej odbiegały od swych dzikich przodków, stały się najpopularniejsze wśród hodowców zwierząt domowych.

Jednobarwne
Najczęściej spotykana obecnie odmianą jest prawdopodobnie odmiana albinotyczna, charakteryzująca się białym futerkiem i czerwonymi oczami. Odmiana biała o czarnych oczach, wyhodowana po raz pierwszy w latach 80 XX wieku jest znacznie rzadsza. Obydwie barwy oczu występują również u rzadszej odmiany kremowej. Jednobarwna szampańska barwa ma różowawy odcień. Jej oczy są koloru czerwonego.
Odmiana jednobarwna czekoladowa pojawiła się pierwszy raz stosunkowo wcześnie bo w roku 1915, ale dopiero od lat 80 XX wieku zaczęła zyskiwać na popularności. Tak jak w przypadku innych odmian jednobarwnych szczury te powinny mieć jednolity odcień barwy na całym ciele. Kolejna odmianą jednobarwną jest jednolicie czarna, u której sierść ma kolor czarny jak smoła.
Istnieje wiele odmian szczurów, które podobnym mutacjom występującym u myszy. Nie wszystkim odmianom barwnym szczurów odpowiadają analogiczne odmiany myszy. Tak jest, np. w przypadku odmiany jednobarwnej norkowej. Uważa się, że jest to prawdopodobnie taka sama mutacja jak opisana wcześniej jako jednobarwna niebieska, która wyginęła w XX. Szczury takie mają jasnokawowy kolor z charakterystycznym niebieskawym odcieniem. Rozjaśniona wersja tej barwy jest znana pod nazwą jednobarwnej liliowej.
Odmiana jednobarwna norkowa została także wykorzystana przy tworzeniu perłowej. Istnieje też cynamonowo - perłowa, oraz cynamonowa, która jest brunatnobrązowa z czekoladowymi, a nie srebrnymi włosami okrywowymi.
W ostatnich latach stały się popularne odmiany srebrzyste. Srebrne włosy skutecznie rozjaśniają kolor i sprawiają, że sierść ma bardziej połyskliwy wygląd. Odmiana srebrzystoperłowa, lepiej znana w Ameryce Północnej jako pomarańczowopłowa lub bursztynowa, ma szczególnie atrakcyjny wygląd. Jej oczy są czerwone, a spód ciała wyraźnie biały w przeciwieństwie do pomarańczowopłowego futerka, okrywającego resztę ciała.

Odmiany ze znaczeniami
Szczury odmiany capped różnią się od szczurów kapturowych tym, że mają bardziej ograniczone obszary kolorowego futra na głowie, które nie mogą sięga poza uszy, a pomiędzy oczami występuje u nich biała strzałka. Ta ostatnia cecha zwykle pojawia się u szczurów łaciatych, które powinny mieć równomiernie rozłożone na całym ciele obszary białego i kolorowego futerka.
Odmiana irlandzka ma na piersiach charakterystyczną biała plamę w kształcie trójkąta równobocznego, rozciągającą się między przednimi łapkami. Amerykańska odmiana wersji irlandzkiej (w przeciwieństwie do wersji angielskiej) ma inne znaczenia, które bardziej przypominają odmianę berkshire, mającą mniej białej sierści. Umaszczenie szczurów berkshire zbliżone jest do rasy świń o tej samej nazwie; z przodu głowy występuje biała plamka, która wraz z symetrycznymi obszarami białego futerka, rozciąga się wzdłuż przednich i tylnych kończyn, oraz z białą częścią ogona ułatwia rozpoznanie tej odmiany szczurów.
Inną odmianą szczurów ze znaczeniami są szczury kapturowe, które posiadają barwne futerko rozciągające się na całej głowie, klatce piersiowej i ramionach, z ciemną pręgą biegnącą wzdłuż grzbietu. Reszta ciała jest biała

Wciąż powstają nowe odmiany szczurów hodowlanych. zaliczają się do nich szczury husky o jasnoszarym tułowiu i białym spodzie ciała.

Odmiany typu sierści
Odmiany typu sierści również zyskują na popularności, zwłaszcza odmiany satynowe i reksy. Szczury bezwłose (sfinksy) zostały po raz pierwszy opisano w Stanach Zjednoczonych w latach 30 XX wieku, ale nie są specjalnie popularne. Krótkoogoniaste szczury manx wyhodowano w latach 40 XX wieku, mogą cierpieć na problemy układu kostnego, zwłaszcza tylnych kończyn, i nie są zbyt często hodowane.

Inne
Szczury Dumbo - nazwa ta wzięła się od postaci stworzonej przez Walta Disneya. Szczury te mają duże, zaokrąglone, nisko osadzone uszy. Wyhodowane zostały w Stanach Zjednoczonych w 1991 roku z linii zwykłych szczurów hodowlanych. Są spokojniejsze i łagodniejsze niż normalne odmiany szczurów.

Materiały zaczerpnięte z książki "Małe zwierzęta domowe" - David Alderton